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En la noche del 27 de noviembre las naves fondearon frente al lugar donde habían construido el fuerte. La oscuridad imposibilitaba ver si había bajos o elementos peligrosos en el agua por lo que optaron por esperar al día siguiente para acercarse más a la costa y desembarcar ya con luz. No vieron movimiento ni luces, incluso dispararon sus lombardas y no obtuvieron respuesta alguna. Previamente en el puerto de MonteCristo vieron dos cadáveres, parecían un joven y un adulto pero no pudieron averiguar si eran cristianos o nativos por su avanzado estado de descomposición, inmediatamente después encontraron otros dos cadáveres siendo uno de ellos barbudo, lo cual era indicio de que seguramente fueran españoles ya que los nativos americanos eran imberbes. Los peores augurios se batieron sobre la expedición.
Al día siguiente desembarcaron varios marineros y se encontraron el fuerte reducido a cenizas y todo desperdigado y roto por alrededor, pero de los españoles del fuerte no vierono a ninguno, ni vivo ni muerto, ¿dónde estaban?
Estos marineros fueron a informar a Colón de la situación y éste no bajó a comprobarlo hasta el día siguiente. Hizo una ronda alrededor de la zona buscando indios que le pudiesen explicar lo acontecido pero todos huían hacia la selva. Más tarde llegó a las naves una canoa de indios de Guacanagarí que le explicaron que el cacique no podía ir a visitarle porque se encontraba herido y le invitaba a él a visitarle cerca de su poblado.
Colón acudió a la cita ansioso por saber qué había ocurrido y se encontró al cacique recostado en una camilla y con una pierna vendada. El médico de la expedición D. Diego Álvarez de Chanca no observó ninguna herida aunque esto no era evidencia de que el indio estuviera fingiendo, aunque algunos sospecharon.
El cacique les explicó que Caonabo, uno de los caciques más poderosos de la isla y de origen caribe, celoso del poder de los invasores, observó que el grupo dejado en el fuerte se dividió en dos por disensiones entre ellos por el oro y las mujeres. Uno de estos grupos decidió internarse en la isla y allí fue fácilmente cazado por los guerreros de Caonabo que inmediatamente se dirigieron al fuerte a finiquitar la tarea y terminar con los restantes marineros que allí permanecían junto a Diego de Arana, probablemente unos diez, cosa que hicieron a pesar del apoyo prestado por Guacanagarí a los cristianos, cuyo poblado también fue arrasado y quemado, como bien pudo comprobar Colón lo que le hizo que se disiparan las pocas dudas que pudiese tener sobre la lealtad del cacique taíno.
Volvieron al fuerte y el almirante quiso comprobar si los marineros habían cumplido la orden de ir guardando el oro que encontrase en un pozo escarbado en el fuerte a tal efecto. Cavaron hasta llegar al fondo y no encontraron nada.
Estos hechos fueron un duro golpe para Colón ya que tenía fundadas esperanzas de que aquellos 39 marineros dejados en el fuerte hubiesen avanzado en la exploración de la zona y hecho importantes hallazgos. Sin embargo aquello se convirtió en un fracaso frente a los castellanos y los reyes.
Ante el evidente peligro de que Caonabo volviese a atacar la zona decidieron buscar un emplazamiento más seguro hacia el este de donde se encontraban y allí fundar la primera ciudad española en el Nuevo Mundo: La Isabela.


















